Hola bones18,
Depende de que pic uses, por ejemplo en la familia 18 (y otras) tenes instrucciones de comparacion como por ejemplo CPFSEQ, CPFSGT o CPFSLT.
En los pics donde no tenes estas instrucciones, podes hacerlo por la forma tradicional. Primero restas los dos numeros (N1 - N2) y despues te fijas como quedo el STATUS, si el bit Z esta activo significa que son iguales (N1 = N2). Si no son iguales, ves el bit C para saber si hubo carry (borrow), dependiendo del estado de este bit sabras si N1>N2 o N1<N2.
Saludos