Hola Luis:
Creo que tu problema está en dónde colocas tus librerías.
Normalmente, los nuevos componentes creados, Proteus recomienda utilizar la USERDVC, sin embargo corres el peligro que en una desinstalación la pierdas. Si pones tus librerias y modelos junto con las de Proteus, no sé si te las coge, puede que haya que crear un índice, ya no me acuerdo, en fin, yo no me he preocupado porque creo que lo hago más fácil.
1.- Lo que yo hago es crearme una o más carpetas, por ejemplo "MISLIB" y "MISMOD", en el mismo directorio que LIBRARY y MODELS, por ejemplo (Al desintalar, Proteus no borra estas carpetas y además puedes tener una copia en otro sitio). Una vez hecho ésto, meto en estas carpetas mis librerías y mis modelos, ficheros SPICE, tests, etc. incluso creo mi propia librería de "footprints".
2.- Para que Proteus cargue tus nuevas librerías y modelos, tan sólo es necesario que vayas a System->Set Paths... y allí añadas tu carpeta MISLIB en "Library Folders" y tu carpeta MISMOD en "Simulation Model and Module Folder".
3.- No se te olvide ir a System->Save Preferences.
NOTA: Evita que tus librerías, los componentes y los modelos coincidan con lo mismo de Proteus, puede armarse un buen follón y recuerda que en el Set Path... existe la posibilidad de dar prioridad de unas carpetas sobre otras, las tuyas deberías ponerlas siempre las últimas.
Espero que te funcione.
Virolay
