Bueno, habiendome comido las 750 paginas del protocolo oficial del USB, podria decir que:
USB 1.0 = USB LOW SPEED (1.5Mbps)
USB 1.1 = USB FULL SPEED (12Mbps)
USB 2.0 = USB HIGH SPEED (480Mbps)
Entonces, en resumen, es lo mismo. A mi parecer, si tenes puerto USB 2.0 y no estas usando ningun HUB que pueda reducir la velocidad entre el HOST(PC) y el programador, no deberia haber problema. Me parece que te mintieron a lo loco...
Saludos.