Yo creo que si se puede compilar desde proteus, ya que el proteus trae el compilador mpsam incluido
Supongo, que tendrás que irte a Add Source y allí, incluyes el código y dices que compilador vas a usar, en este caso el mpsam. Aparte, desde proteus, creo recordar, que se puede editar el códido para posteriormente compilarlo.
PD: No te pongo la ruta de add source ya que no tengo el proteus delante, pero está en la barra de herramienta y si mi memoria no me falla, es una de las primeras opciones (creo que en herramientas o debug)
Suerte!!!