Hola Letal,
Los compiladores (Pic Basic pro, o cualquier otro) convierten el código fuente que tú escribes (archivos con la extensión .BAS) en código hexadecimal comprensible por el PIC (archivos con la extensión .HEX).
Estos archivos .HEX son los que graba el software de programación (WINPIC800) en el PIC. Consecuentemente, no puede existir incompatibilidad alguna entre el compilador (Pic Basic) y el programador (WinPic800).