Hola fastyx, no conosco ningun PaP de 1.8° (200 pasos) que llegue a las 3000 RPM ni poniendole 380V. Los fabricantes solo llegan a los 600 en las mejores de las condiciones.
Con respecto a lo del choppeado que realizas con el 16F lo que te esta pasando es que el circuito original de que deseas reemplazar "L298" realiza el chopeado por control de los ampers, y tu lo estas haciendo en base a un ciclo fijo, entonces el control no te sale como lo deseas.
Un saludo.
Atte. CARLOS.