hola Kill bits siento no poder ayudarte mas, pero estoy en plenos examenes y no tengo para ayudarte a investigarlo o buscarte algún ejemplo (formatee el ordenador hace poco para probar el window10 y tengo todos mis programas perdidos por sepa dios que disco duro).
...pero no como lo hace que es lo mas importante, no esperaba que fuera tan dificil encontrar informacion sobre el sistema de archivos FAT dado que se supone que es un protocolo standar cuyo objetivo es el de facilitar la comunicacion entre dispositivos.
no te hace falta entender como lo hace, para eso esta la librería de FAT (a menos que seas tu el que quiere hacer la librería propia), piensa por ejemplo en el USB, mas estandar que eso no hay nada, pues intenta usarlo sin librerias, imposible (no imposible, pero si muy muy dificil). Pues con las FAT pasa lo mismo tu olvidate de como lo hace y centraté en hacer tu aplicación usando las librerias FAT, las librerias estan para facilitarnos la vida.
busca ejemplos de "PIC32 Mass Storage Device" o "PIC32MX MSD".
lo que tienes que aprender es a usar la librería para leer y escribir ficheros en un PENDRIVE, que no te preocupe no saber como esta funcionando la librería, haz que funcione y una vez que funcione, ya si quieres profundizar en como funciona la libreria, pues con ayuda del debug y tal vas aprendiendo.
por cierto la memoria USB necesita una intensidad recomendada de 100mA, en tu placa que es una de desarrollo ya estará preparada para ello, pero si haces un hardware ten cuidado con esas cosas.
un saludo.