Pues algunos PIC tienen un módulo que permite capturar un PWM, llamado CCP, aunque no sé cómo funciona, pero seguro que encuentras documentación al respecto.
No obstante, se me ocurre que podrías usar dos interrupciones para hacerlo.
Por un lado habría que utilizar la Interrupción Externa para detectar cada cambio de nivel de la señal recibida, y modificando el disparo de la misma de L_TO_H a H_TO_L cada vez que entres en ella.
Una vez dentro, envías un cambio de estado a un PIN que será un fiel reflejo de la señal de entrada y reseteas un timer.
Este timer disparará una interrupción cuando desborde, y estará calculado de manera que si desborda será porque hace X tiempo que no se recibe señal de la emisora, por lo que ya entraríamos en el módulo de "salvación" que tú sí sabes programar.
No sé si me expliqué bien
, aunque también sería bueno ver cómo usar el módulo CCP...