Los condensadores C1 y C2 se usan para evitar ruido en la conmutación de las escobillas del motor, y no debería ser un problema, por lo general se pueden poner 3 por motor, uno entre cada borne del motor y a la carcasa de éste, y otro entre los bornes del motor (c1 y c2).
Para controlar motores es más adecuao usar transistores mosfet que bipolares, ya que en el bipolar vas a perder mucha potencia, Vce * la corriente del motor, mientras que la caída de tensión por la resistencia drenador-fuente del mosfet va a ser mucho más baja.
Si quieres tener frenado eléctrico del motor lo suyo es poner medio puente en H para su control.
Diodos que se usan son los que tienen un tiempo de encendido, apagado y recuperación inversa rápida, el uso de schottky suele ser adecuado.