Quiero recordar que la salida SQW/OUT del DS1307 es Open-Drain por lo que es imprescindible colocarle una resistencia Pull-Up. Como ya lo has hecho para colocar el Led no tienes porqué bajar mas el volaje de señal para inyectarla en el PIC. Como dice pablomanieri, con solo poner el pin de entrada tienes bastante.