No tengo keil instalado, pero tengo entendido que en keil se configura el reloj en las propiedades del proyecto...
Por otra parte, cuando usas las HAL del Cube en keil, tenes estas funcion:
http://www.keil.com/pack/doc/STM32Cube/General/html/_cube_clock.htmlla cual no estoy seguro por que no la usan en el proyecto...
Si usaras el SystemWorkbench (Eclipse + AC6), al instalar las HAL se te instalan cientos de ejemplos para la discovery, listos para cargar en el IDE, compilar y usar...
Yo te recomiendo el systemworkbench como IDE de trabajo....
Saludos