Hola jfh900, pero cuando vas a generar el G-code o el gerber debes de configurar el tamaño y formato de fresa, y el programa ya tiene en cuenta esto, luego al realizar el fresado las pistas deberían de tener el tamaño indicad en el diseño.
No se como podrías luego de ya tener el código variar el ancho de las pistas.
Un saludo.
Atte. CARLOS.