Solo decirte que esto:
http://www.todopic.com.ar/foros/index.php?topic=45093.msg380122;topicseen#msg380122No te va a servir ya que utiliza un compilador GCC para AVR.
Lo que si necesitas vos es un GCC para ARM o tal ves incorporar el compilador propietario de Atmel al IDE
GCC-ARM:
Ya que tu SAMD20 utiliza un Cortex-M0+ . Hay muchos links dando vueltas sobre como programar un ARM en Eclipse.
Por ahi se complica en la parte de debugeo, o coneccion a la PCB para grabarlo o debuggearlo. Ya que tenes que aprender a usar el GDB y configurar todo.
Igual pienso que eclipse no es el mejor ejemplo de "liviano" al menos no me parece en sus ultimas versiones.
Finalmente por haberlo probado yo mismo, no me resulto para nada facil hacer funcionar aunque sea un ejemplo. A no ser que sea para una placa muy especifica
http://mcuoneclipse.com/2015/03/22/openocdcmsis-dap-debugging-with-eclipse-and-without-an-ide/Propio:
No se exactamente cuales son los compiladores que maneja Atmel con su IDE, si son propios o GCC.
Si tiene un compilador propietario, podrian usar los mismos para ponerlos en Eclipse. Es decir que en ves de utilizar el compilador arm-none-eabi-gcc utilizen la de Atmel, esto les va a permitir poder compilar con la misma sintaxis a todos, lo que no creo que puedan facilmente es debugearlo/grabar el micro desde alli. Pero eso les va a solucionar al menos los problemas de sintaxis.
Cosa que veo bastante simple ya que cualquier IDE que poseas podria utiilzarse para crear los archivos sin ningun problema. Sino realmente una maquina mejor.. Por que debemos estar ante una maquina bastante "vieja" como para que no tire un IDE.