.
Los ficheros .b#? y .s#?, que genera Eagle no son archivos basura, son copias de seguridad que crea Eagle automáticamente cada cierto tiempo, del esquema y el PCB. Si un día se corrompieran tus archivos originales brd o sch, podrías echar mano de los .b#? y .s#?, simplemente renombrándolos, para recuperar el último estado de trabajo.
No es nada recomendable borrar esos ficheros, aparte de que ocupan muy poco espacio. La utilidad de los ficheros de otros productos la desconozco, pero imagino que igualmente serán copias de seguridad, si ocupan poco espacio mejor dejarlos.
completamente de acuerdo, yo a veces que después de llevar rato ruteando y de repente decido echar todo para atrás y volver a un estado anterior de unas 20 o 30 modificaciones, sin esos archivos no podría.
igual ocurre con los temporales de office, ccs, etc.
pero como dicen por ahí, cada quien tiene su modo de trabajar , para gustos y colores.