Buenas tardes diego.
Creo k no se puede, pero de todas maneras al tenerlo asi tienes una estructura bien ordenada, yo me acostumbre a usarlo así y ahorra mucho trabajo de estructurar el programa, esto te ayuda a hacer un codigo mas portable o cuando buscas una seccion de codigo te vas a donde corresponde y hay lo tienes.
si en un futuro quieres trabajar con Harmony, te conviene usar este tipo de gerarquia de carpetas.
de todas formas esto es solo visual, en decir en mplab tu ves estas carpetas, pero no necesariamente tienen que existir en tu ordenador, puedes tener todos los ficheros en una misma carpeta en el PC, y sin embargo tenerlas en diferentes carpetas en MPLAB X
un saludo
