Hola,
el manual es bastante certero a la hora de dar la definición. Parecería asumir que el lector está al tanto de los problemas latentes relacionados al uso de variables de tipo integer a lo largo de diversas arquitecturas/hardware. El principal problema es que históricamente el integer no ha tenido un tamaño definido y esto ha supuesto muchos problemas al intentar generar código fácilmente portable/multiplataforma.
Lo que está queriendo decir el manual, es que si declaras una variable como int, estás dejando que el compilador, conociendo para qué hardware está compilando, pueda determinar el mejor tamaño nativo para dicha variable entera. En el caso de las familias de PICs 12,16 y 18 debería ser entonces de 8 bits, pero para un dsPIC32, seguramente el tamaño del int debería ser de 32 bits (digo debería porque nada impide que un Compilador reemplace los tamaños nativos por otro por convenienca o porque se le da la gana). Claro que a favor tiene el hecho de elegir automáticamente el mejor tamaño en cuanto a velocidad de cálculos se refiere, pero puede ser un problema no sabe exáctamente qué tamaño tienen las variables integer, más aún cuando intentamos hacer código multiplataforma que compile para varios procesadores distintos.
Por otro lado, al utilizar la declaración fija, como al hacer: int16_t fixed estamos de alguna manera forzando al compilador a que arme una variable integer con 16 bits, independientemente de su tamaño de memoria nativo. Utilizando los mísmos ejemplos previos, para lograrlo en familias de PICs 12,16 y 18 el compilador deberá de alguna manera unir 2 bytes (ya que 8 bits es su tamaño de memoria nativo) y trabajarlos juntos para lograr armar los 16 bits pedidos, claro que con la penalización en consumo de instrucciones/ROM/RAM consecuente y en el caso de la familia dsPIC32, tendrá que utilizar sólo 2 bytes de los 4 (32 bits = 4 bytes) incluso a veces desperdiciando esos dos bytes en desuso, o bien siendo penalizado como en algunas arquitecturas (como en los ARM Cortex-M3) donde se pueden utilizar instrucciones de 16 bits, orientadas a manejo de variables de 8 bits/16 bits, pero siendo penalizados en ciclos de ejecución al hacerlo debido a la interrupción que debe producirse en el normal funcionamiento del pipelining y pre-fetching del código ROM.
En definitiva, la declaración de variables de tamaño nativo asegura el mejor rendimiento, al menos en teoría, mientras que el uso de definición de variables de tamaño fijo explícito, permite mayor portabilidad.
Personalmente no uso jamás el int. Prefiero ser consciente que si declaro una variable de 16 bits / 32 bits en un PIC18F se que estaré perdiendo un poco de rendimiento por ser de 8 bits su tamaño nativo.