Pana Khasistos dejame ver si te entendi(acuerdate que soy muy lento)solo te falla cuando cambias la referencia o siempre? posiblemente no das tiempo a que se stabilisen a digitales para ser usados po el glcd si estas usando pines para el GLCD y para A-d, puedes intentar despues de cada cambio a-d y GLCD agregarle un poco mas de tiempo 200 ms es muy poco ponle 500(has la prueba con tiempos mayores), y segundo limpia el registro o el puerto donde va el el glcd, Si sigue ese problema, has una rutina(llamada) para declarar nuevamente el lcd y los adcs, y al final un return. por ejemplo:
..
"Codigo de conversion"
call rutinaLCD
"continua codigo"
print....
RUTINALCD:
DECLARE LCD_DTPORT PORT
DECLARE LCD_RWPIN PORT . PIN
DECLARE LCD_CS1PIN PORT . PIN
DECLARE LCD_CS2PIN PORT . PIN
DECLARE INTERNAL_FONT ON - OFF, 1 or 0
return
En caso de que solo te falle cuando cambias el Vref, dale mas tiempo al registro y limpia el puerto despues de(o por lo menos el pin de vref)
No se si a eso te referias, pero por favor, si no es eso hasmelo saber, por que segun entendi, no te sirve elGLCD durante ese swicheo, y si estas usando los mismos pines para a-d y para GLCD puede ser ese el problema entre otros)
Un abraso