como primer intento podrias seguir exactamente como lo has echo, pero empleando el TIMER1, el cual es un contador ahora de 16bit, con post-escalador 1,2,4 & 8. pudiendo instalar un cristal resonador externo , exclusivo para el, digamos 32678hz, con eso los tiempos se hacen larguismos, sin cambiar el método de trabajo.
De lo contrario caes en las cuentas que se realizan al momento de implementar un reloj, de los tantos que andan dando vuelta, pues ahí contas lo que te plazca en cuestión de tiempos.