Cuando vas a muestrear una señal debes tener una idea de que tipo es, como te han comentado debes tener una idea de que ancho de banda comprende. Lo podes ver con un analizador de espectro o si tenes una idea de la fuente se puede conocer (Por ejemplo si es un audio, etc.). A partir de allí debes elegir la frecuencia de muestreo, donde la mínima es el doble de la máxima frecuencia de la señal. Podes buscar como Frecuencia de Nyquist. El filtro lo harías con frecuencia de corte un poco mayor a la máxima frecuencia de la señal y nunca mayor a la frecuencia de muestreo divido 2. (Fs/2)
Saludos!