La primera de ellas te permitirá utilizar los comandos output_XXXX (high, low, float, toggle) de CCS sin preocuparte por setear los TRIS, ya que el compilador lo hará por ti.
Con la segunda de ellas especificas que tú te preocuparás de los TRIS y que no lo haga el compilador.
Podrás usar ambas en tu programa, pero referidas a puertos diferentes. Si las usas sobre el mismo puerto será una contradicción.