Nunca he usado control de flujo por hardware y creo que hoy en día está bastante en desuso, ya que puedes implementar un protocolo de control por soft y solo usar dos lineas. Pero puedes mirar en internet sobre el puerto serie y las definiciones de cada línea. Yo no tengo información del estándar, pero en cuanto sepas que controla cada linea las puedes implementar con los pines necesarios de un puerto. Se que básicamente estas lineas de control proporcionan información entre los dos dispositivos para decirle, te voy a enviar estás peparado? y el otro con el pin a alto o a bajo le dice estoy preparado puedes enviar. Si el bufer se llena el pin correspondiente cambia de nivel y se detiene la comunicación.
Si te das cuenta en los buses serie de hoy en día no hay ningún hilo de control por ejemplo en el USB y va hasta 480 M. Todos estos pines (hasta 25 en la primera definición) se usaban para un control de intercambio de datos porque los dispositivos antes no tenían la versatilidad de ahora y había que procurar no perder la información.
Si vas a hacer una cosa nueva, te recomiendo que no uses este tipo de handsaking, si es para adaptarte a algo que ya está creado y necesitas usar no tienes más remedio.
Saludos,
Ricky