Tengo entendido que el CCP en modo captura solo captura el ancho del pulso y no actua como contador de pulsos en si.
Deberias usar un timer, bien sea el 1 o el cero configurado con el clock externo y aplicar la señal externa que quieres medir al puerto específico para ese timer en el pic. Pones el timer a cero, esperas el tiempo que quieras y ahora lo lees y ya tienes el numero de pulsos registrados en ese tiempo.
saludos