Yo no he tenido ningún problema con el win7 ultimate 64 bits y las aplicaciones que usamos para los pics, ya sea CCS C , mplab , pickit,etc...
Prueba lo que ya te comento manwenwe y además trata de tener la última versión del MPLAB.
*También intenta con click derecho y ejecutar como administrador.
A veces no ejecutaba el CCS C y se resolvía de esa manera(eso cuando usaba windows bestia) ,podría servir para el MPLAB.