Yo personalmente, uso Git y a lo machote, desde una ventana de bash y con línea de comandos.
Me resulta muy cómodo.
No lo uso con MPlab porque no es mi entorno de programación, pero sí con Xcode, Python, CCS y Gmake, pero es perfectamente aplicable a proyectos de MPlab (no al GUI del entorno) , es distribuido y cuentas con github como repositorio en la nube.
Salu2