Muy interesante electrotacto lo que planteas, pero me surgen varias dudas respecto a su funcionamiento que creo no puede ser muy funcional.
Primero que nada el tema del cambio de sentido de giro, vos planteas que vas a tener el motor girando y cuando tenes que mover el eje accionas el acople magnetico hasta que con el encoder censas que se consigue dicho desplazamiento, pero se va a complicar al momento del cambio de giro, en esos motores el cambio de giro es lento, no se lo puede hacer bruscamente, con lo cual tendrias que ir desacelerando el motor, invertir el giro y comenzar a acelerar nuevamente para luego accionar el acople magnético, con un prog de CNC común eso no va a funcionar, no te va a dar ese tiempo.
Otra cosa es que mientras no estas moviendo el eje vos tenes el tornillos o al trasmisión libre, no esta frenada, con un servo o un paso a paso cuando esta parado no solo esta parado sino frenado en ese lugar, por ejmplo cuando fresas en una sola dirección el motor del otro eje que esta "parado" esta manteniendo al eje en ese lugar, puede parecer que no sea necesario, pero con las vibraciones de la máquina se puede desplazar y si usas correas dentadas mas todavía.
Otra cosa es el tema del encoder, un encoder si lo vas a compar te va a salir mas caro que un motor paso a paso, y si lo haces hay que ver hasta que resolución se puede lograr.
De todas formas son cosas que se podrían solucionar, adelante con el proyecto!!
Saludos