El fototransistor esta protegido de la luz ambiente??
Creo que eso te puede jugar una mala pasada.
Ponle un filtro pequeño y la señal del foto transistor puedes agregarle otro transistor y conectarlo en darlington.Algo más sensible a la luz.
Recuerdo que realice un control remoto con el led y un fototransistor hace muchos años , y a 0 luz , logre alrededor de 10 metros de distancia, pero la señal del emisor la module, no recuerdo la frecuencia ,en ese entonces todo muy experimental xD.Pero modulada era notable el alcance.
Cambia de configuración del fototransistor a darlington. o usa un amplificador operacional y agregas el filtro.