OK, pero todos los headers están declarados en el MAIN.C, que es el principal. Las subrutinas creo que no necesitan de estas directivas, no? Simplemente encuentra que las variables no están identificadas, aunque en el archivo DEF.H están todas.
Edito: He hecho más pruebas, y si en el Matlab sólo pongo MAIN.C en la carpeta de los archivos fuente, no salen los errores de "undefined identifier". Salía eso sí, un error de declaración de la variable RW del display que hace conflicto con una de un archivo de librería. Después, la declaración de los fuses no es aceptada por el compilador.
Alguien más le ha echado un vistazo y me puede ayudar?