Hola, te dejo mi opinion personal. En un ambiente industrial lo mas optimo seria RS-485 por la inumidad al ruido, pero tanbiéin con una RS232 y un protocolo bien establecido con detección de integridad de datos y manejo de reintentos podes obtener buenos resultados. También podrias usar USB que ya trae incorporado para ciertas transferencias estos topicos. Con respecto al FTDI es que este chip te aisla de implmentar vos todo el manejo de USB, siemplemente te presenta una interfaz UART donde te comunicas y el se encargado de toda la negociacion USB con el USB Host ( PC )
Saludos !