Hay microcontroladores con USB
Lo que pides lo hay , ya sea serial , bluetooth,etc....
Lo mas facil es usar el puerto serial que trae la mayoria de microcontroladores , ya sea que uses un convertidor USB-rs232 y por esa interfaz enciendes y apagas los leds que quieres.
Si lo haces directo usas el micro con el periferico usb y no hay tanto rollo.
Te recominedo leas la seccion Proyectos ya que ahi han posteado justo lo que necesitas;hay programas desde encender 1 led , medir temperatura , manejor de Display ,etc....
Saludos y bienvenido!!
P.D. Tambien hay buenos cursos para inciarse en la programacion de estos microcontroladores PIC
bien documentados y bastantes ejemplos para practicar.