Como regla general, los puertos debes de configurarlos al principio. Justo debajo del bloque "Inicio"
No puede ser indistinto porque si no antes puedes estar realizando algun tipo de operacion con los puertos y si no estan configurados de forma adecuada no funcionara correctamente tu programa.
Si tu programa no utiliza los puertos podrias llegar a prescindir de ello, pero mi consejo es que los dejes configurados.
F.