Yo también he trabajado en Linux con algo de PICs, como compiladores SDCC y CCS (la versión de Windows). Programador, el PICkit2 funciona perfecto, en la página de Microchip puedes descargar la aplicación para utilizarlo desde línea de comandos.
Como comentario, si tienen Windows y Linux en su computadora, y ya han instalado CCS en Win, no es necesario que lo instalen también en Linux, pueden correrlo desde la misma instalación de Windows
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Más información sobre desarrollo con PICs en linux:
http://pic-linux.foroactivo.net/