Los micrófonos son cápsulas electret? En tal caso, necesitan una tensión de alimentación para el amplificador FET y polarización de las láminas internas que no veo...
Respecto al filtro antialias, es muy necesario. Las señales superiores a 5.5k de audio son lo de menos, el problema son todas aquellas señales interferentes que se te están colando por masa, vcc y acoplamientos electromagnéticos, procedentes de la placa del microprocesador, tarjeta SD... lo cual es muy facil teniendo en cuenta la alta impedancia de tus primeros amplificadores y su gran ancho de banda. Éstas señales, sean de 100khz, 200khz, o varios MHz, son capturadas por el ADC y te generan toda esa distorsión que estás obteniendo por no filtrar adecuadamente. Probablemente, las señales que te están fastidiando son de muy alta frecuencia, pero aparecen en el segmento de audio como alias por la frecuencia de muestreo.
Necesitas rediseñar todas las etapas de amplificación como filtros pasobajo.