Hola julio:
hay cosas no muy claras en tu pregunta ,si tienes un .BAS quiere decir que has trabajado o generado tu programa en basic pro o PLUS,si es asi el pro con el microcode studio te genera el .hex y el Plus ya tiene su propio generador .hex en su editor ,en definitiva los dos usan el mpasm para la instancia final .hex .y en ninguno de los dos debes hacer dos proyectos simplemente escribes tu codigo y lo compilas .hex en los dos no pasas por ningun otro lado directo del .bas al .hex para quemar el pic...
Ahora el micro code studio tambien debugea via serie .Pero lo que no entiendo para que quieres hacer un debug de asm si todo tu codigo esta en .bas???
En el MPLAb hay una opcion que debes marcar que es indicarle que vas a usar la opcion picbasic pro suite para el debug.Se que esta pero realmente no la he usado asi que no te puedo aconsejar en eso
se mas especifico a ver si te puedo ayudar mas.
Saudos
khasistos