Estimado, estoy haciendo una simulacion muy parecida a la que presentaste y tengo exactamente el mismo problema.
Estoy usando el ISIS para la simulacion del circuito PIC-EEPROM.
Realemente no estoy seguro de lo que esta pasando, pusto que el analizador de protocolo SPI que viene con el ISIS me muestra que el PIC esta mandando los comandos (los de lectura en este caso) en forma correcta, pareciera ser que la memoria no envia los datos leidos.
Ademas, la memoria la pude escribir in ningun problema.

Comentame si tuviste suerte con el problema.
Saludos!