problemas con USB CDC para pedir datos por pc

[cerebro]

Hola estoy utilizando la comunicacion USB CDC en un 18f4550 y en este caso recibo una señal PWM por B0 y mido el ancho del pulso (basicamente lo que hice fue modificar el ejemplo de redpic para adaptarlo a usb). La señal proviene de otro micro, en realidad seria todo por infrarrojo, ese micro convierte A/D y envia en una portadora.
Ahora el tema es que si yo simulo lo que realice en proteus funciona perfectamente pero en la realidad siempre estoy recibiendo lo que envio. Me pasa algo parecido que medussa en este post http://www.todopic.com.ar/foros/index.php?topic=20276.0.

Les adjunto los archivos que estoy usando
Gracias y saludos 
 

[cerebro]

perdon que sea tan insistente, pero necesito solucionar esto para un trabajo final de un seminario. Ahora sucede que si armo el receptor de infrarrojos en la placa de experimentacion y pongo un led (comun) a la salida(aumentando los tiempos) veo perfectamente el parapadeo del led a distintas frecuencias dependiendo del ancho de pulso que envia el diodo infrarrojo emisor a 38khz. Luego, conecto la misma salida (led comun) al canal  del micro (digital o analogico) y envio los datos por USB pero no llega nada al pc . 
 como puedo encontrar la solucion? . y si hago debug ICD2 me ayudara?
 
Saludos