Como estás utilizando un puente H, puedes utilizar dos salidas pwm del pic, y conectas uno a una pierna y el otro a la otra. Para mover en una dirección el motor, incrementas el ciclo de trabajo de una pierna y disminiuyes el de la otra, con esto logras variar el valor medio de tensión en el motor y girará para un lado u otro, dependiendo de que pierna tiene el ciclo de trabajo mayor. Cuando los dos pwm tengan el mismo ciclo de trabajo el motor dejará de moverse. Ahora lo que tienes que hacer es que ese ciclo de trabajo sea proporcional a la diferencia entre la posición actual de la ventana y la posición deseada.
No te aconsejo que trates de controlar el motor variando la frecuencia, ya que cuando esta sea muy baja el motor va a ir dando saltos en su velocidad. Además de esta manera no puedes controlar el sentido de giro.