Mmmm lo cierto es que yo tambien me econtre con ese problema y no supe solucionarlo.
Yo lo que hago es crear un 'project pcb', arrastrar el esquema y pcb deseado a este nuevo proyecto, y entonces ya no existe el problema. Una vez terminado, los vuelvo a arrastrar a su proyecto original con el resto de documentos.
Seguro que hay una manera sencilla de no hacer esta burrada, pero no lo se.
Un saludo. Dani.