Si no entiendo mal, lo que planteas es reemplazar la señal del tono que te entrega el bajo por una señal cuadrada que ingrese al PIC, con el mismo periodo (frecuencia) que la del tono.
Hasta donde se, una onda senoidal por ejemplo, en el espectro de frecuencias tenes una delta en la fecuancia fundamental de la señal. En una onda cuadrada, por el contrario tenes la señal repartida en muchos armonicos. No creo que sea lo mismo, a la hora de afinar el instrumento.