Manolo, puedes utilizar cualquier tensión de referencia que quieras, siempre que no exceda la tensión máxima que te indique el datasheet. Esta tensión depende de la tensión con que alimentes al PIC, así que mira allí y ve si puedes poner la de 5V, aunque yo creo que no debe haber problemas. Una VREF buena y barata, la puedes hacer con un regulador monolítico pequeño, dedicado específicamente para ese fin.
Otra cosa, puedes usar filtro, pero muy importante es el PCB que hagas. Aleja en lo posible todos los circuitos analógicos de los digitales, si comparas la tensión a la entrada del conversor con GND utiliza VREF- como tierra del conversor y no la conectes por nada del mundo a la tierra del resto de tu diseño.
Lo del filtro con una R de 1K y un cap de 0.1uF puede servirte bien para este caso, porque se lleva todos los ruidos de alta frecuencia, pero es importante que hagas un buen diseño del PCB y que utilices adecuadamente las tensiones de referencia y sobre todo una buena TIERRA.
Ten en cuenta que si metes un filtro como el propuesto, es probable que cargues mucho el circuito analógico, así que te recomiendo que mires bien esa parte, porque es probable que requieras un buffer, o mejor un filtro activo, de ganancia unitaria. Este tiene la ventaja que mantiene fuerte la señal analógica a la vez que mejora la respuesta de frecuencia del diseño.
Por si fuera poco, y dado que te gustan los dsPIC, si tienes una señal con una frecuencia muy bien identificada, puedes usar un filtro digital del tipo FIR o IIR para eliminar todo lo que se deba considerar como ruido.
Saludos
Reinier