Gracias de nuevo AngelGris, parece que el problema es otro, que no se utilizar el MPLAB-X. Siguiendo la imagen de tu pantallazo, al final consegui ver que si que detecta mi PicKit2, aunque al intentar leer el contenido actual del PIC conectado a el, tambien se queda como colgado, con el led de target encendido.
Voy a buscarme algun manual del MPLAB-X en español y estudiarlo bien, ya que nunca lo he utilizado y ando un poco perdido.
Ya comentare si consigo algo.
Saludos.