Lo que propone el amigo jfh900 me parece una buena idea, colocas un filtro a la salida del pic, que genera la onda cuadrada, y obtienes la frecuencia fundamental.
Te aconsejo que primero simules en Matlab el filtro antes de implementarlo, tal ves necesites un filtro mayor, de 2do, 3er orden o más para quedarte solo con la frecuencia fundamental. O directamente usa un simulador de circuitos, los filtros con opanes ya están estandarizados y lo puedes encontrar en tablas, chebycheb y butterwordh para varios ordenes. Metes tu onda cuadrada y observa la salida, para orden 2, 3, etc, y escojes.
un saludo;
