Bueno una vez que entras al Auto Router del Ares en el menu Edit Strategies solo hay que configurar tus prioridades (Strategy, Priority, Trace Style, Via Style, Neck Style y por supuesto que Pair1) siendo este ultimo donde seleccionaras a una sola pista. Pair1 (HOZ)Botton Copper y dejando la parte (VERT) en NONE y listo debe de salir a una sola pista. En el otro caso el cual mencionas con respecto alas lineas, desde este mismo menu las configuras o si lo prefieres en el submenu de lineas (trace) solo edita la linea Default y asi obtendras las lineas en el grosor que gustes.
Bueno si todo lo has configurado de manera correcta tiene que salir bien.