Como compilador de C yo uso el propio ATMEL Studio y a su vez tengo instalado el WinAVR (AVRGCC)
El ATMEL Studio reconoce el WinAVR y te permite crear y hacer debug de proyectos en C con una interface muy amigable, descartando que el hecho de usar el producto de ATMEL ya merece otra confianza en los resultados.
De todos modos, el producto que ATMEL usa en sus proyectos demo, es el IAR Workbench